In die des Gels werden die vorbehandelten eingefüllt. Dann wird eine Spannung so angelegt, dass sich der Pluspol am entgegengesetzten Ende befindet. Da DNA in wässriger Lösung geladen ist, bewegen sich die Moleküle zum geladenen Pol hin. Kleinere Moleküle bewegen sich durch die Poren des Gels als größere Moleküle. Wenn die kleinsten am Ende der Laufstrecke angekommen sind, muss die Spannung abgeschaltet werden. Zum Sichtbarmachen des Bandenmusters kann z. B. Ethidiumbromid verwendet werden. (Dies ist ein roter Farbstoff, der sich zwischen die der DNA einlagert und unter intensiv fluoresziert).