In jedem Versuchsansatz lagern sich die an die Matrizen an, dann verbinden die DNA-Polymerasen die zu komplementären Strängen. An den passenden Stellen können in jedem Becherglas je eine Sorte zufällig eingebaut werden. Es entstehen also alle möglichen , die mit der gleichen enden. Die vier verschiedenen Ansätze werden dann in einer sehr empfindlichen getrennt. Die auf der Gelstrecke nach Größe sortierten Fragmente geben die des synthetisierten DNA-Strangs an, die gesuchte DNA ist zu dieser komplementär.