Am werden die Nahrungspartikel (Bakterien) durch Abschnürung einer nach innen in den Zellkörper aufgenommen. Im Zellplasma verschmelzen kleinere Vesikel (die ) mit der Vakuole. Sie enthalten Enzyme, die die Bakterienmembran zerstören und so die Verdauung einleiten. Auf dem Weg durch die Zelle wird der Nahrungsbrocken immer weiter zerlegt und alle verfügbaren Nährstoffe aus der Nahrungsvakuole ins abgegeben. Unverdauliche Reste werden am abgegeben, indem die Nahrungsvakuole mit der Zellmembran und dadurch ihren Inhalt nach außen abgibt.

In den vielen Teilräumen einer Zelle können verschiedene gleich­zeitig ablaufen, ohne sich zu stören. Die räumliche Aufteilung der Zelle durch Membranen nennt man .
Das bedeutet, dass in der Zelle verschiedene Reaktionsräume vorhanden sind. Dadurch können in unterschiedlichen Bereichen verschiedene, z. T. sogar gegenläufige Prozesse stattfinden, ohne sich gegenseitig zu stören oder sogar aufzuheben. Hier bedeutet das, dass die nicht in direkten Kontakt mit zelleigenen Strukturen kommen und diese somit nicht zersetzen können.