Jedes Enzym hat ein bestimmtes pH-Optimum, in dem seine (Reaktionsgeschwindigkeit) optimal ist. Durch leichte Veränderung des pH-Wertes – sowohl Absenkung als auch Steigerung – wird die dreidimensionale Struktur des Enzyms und damit auch die des Zentrums verändert. Dadurch „passen“ die Substrate schlechter in das Zentrum und werden umgesetzt. Bei stärkerer Veränderung des Enzyms werden die Substrate nicht mehr gebunden.

Ebenso hat jedes Enzym auch ein bestimmtes Temperatur-Optimum, in dem seine (Reaktionsgeschwindigkeit) optimal ist. Bei Temperaturen ist die Geschwindigkeit – wie bei allen chemischen Reaktionen – niedriger (RGT-Regel), bei Temperaturen wird die dreidimensionale Struktur des Enzyms zerstört ().