Existieren verschiedene Verbindungen mit gleicher , so nennt man diese Isomere.
Bei den sind die Atome unterschiedlich verknüpft. Dazu gehören unter anderem die - oder Skelettisomere, bei denen das Kohlenstoffgerüst unterschiedlich aufgebaut ist. Bei den befinden sich bestimmte funktionelle Gruppen (z. B. ) an unterschiedlichen Stellen im Molekül.
Als bezeichnet man Verbindungen, die sich nur durch die Anordnung der Atome im Raum unterscheiden. Zu ihnen zählen u. a. die cis-trans-Isomere, bei denen an Doppelbindungen verschieden angeordnet sind.